Impact of CDK12 mutation on immune response in prostate cancer (2023)
- Authors:
- Autor USP: DUTRA, WILLIAM LAUTERT - FMRP
- Unidade: FMRP
- Sigla do Departamento: RGE
- DOI: 10.11606/D.17.2023.tde-16102023-151223
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; BIOMARCADORES; NEOPLASIAS PROSTÁTICAS
- Keywords: Bioinfomatics; Biomarkers; Câncer de próstata; Immunotherapy; Imunoterapia; Prostate cancer; Transcriptomic; Transcriptomica
- Agências de fomento:
- Language: Inglês
- Abstract: A inativação da quinase dependente de ciclina 12, CDK12, tem sido usada como um biomarcador preditivo da resposta ao tratamento ao bloqueio de checkpoint imunológico (Immune-checkpoint blokade, ICB) no câncer de próstata avançado (Prostate Cancer, PCa). No entanto, alguns pacientes com alterações de CDK12 não respondem ao ICB. As alterações na expressão do MHC têm sido associadas à progressão do tumor e à redução da resposta ao ICB em diferentes malignidades. Usando dados públicos de transcriptoma e exoma de pacientes com CDK12 mutado em tumores prostáticos primário (n=48) e metastático (n=10), investigamos a variação na expressão dos genes do MHC e as alterações moleculares associadas. Dividimos os tumores em níveis de expressão "Alto" e "Baixo" de MHC-I e -II com base nos quartis de expressão gênica. Tumores defeituosos de CDK12 com níveis aumentados de MHC mostraram a ativação de várias vias associadas ao sistema imunológico e expressão elevada de PD-L1, IDO1 e TIM3. Houve também aumento da composição de células T CD8+, células B, células T γδ e macrófagos M1 em tumores com mutação CDK12 com níveis elevados de MHC. Em contraste, tumores defeituosos de CDK12 com expressão reduzida de MHC foram frequentemente sujeitos a eventos genômicos de perda de heterozigosidade (LOH) afetando MHC-I/-II e o agrupamento de genes HLA no cromossomo 6. Nossos dados sugerem que PCa com CDK12 mutado expressa níveis mais altos do MHC clássico e têm um microambiente tumoral ativo e inflamado com expressão elevada da via imunomoduladora e presença aumentada de células T efetoras. O achado de menor expressão do MHC em tumores com LOH de genes associados no cromossomo 6 sugere que a expressão reduzida do MHC pode ser causada pela aquisição de eventos genômicos somáticosespecíficos que reduzem a expressão desses genes apresentadores de antígenos. Coletivamente, esses dados indicam que a implementação de uma medida combinada de mutação de CDK12 e níveis de expressão de MHC, juntamente com uma avaliação do status de LOH, po de prever melhor os resultados de tumores de câncer de próstata classificados como elegíveis para tratamento com ICB
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2023
- Data da defesa: 22.06.2023
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo é de acesso aberto
- URL de acesso aberto
- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
-
ABNT
DUTRA, William Lautert. Impact of CDK12 mutation on immune response in prostate cancer. 2023. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2023. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-16102023-151223/. Acesso em: 23 maio 2024. -
APA
Dutra, W. L. (2023). Impact of CDK12 mutation on immune response in prostate cancer (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-16102023-151223/ -
NLM
Dutra WL. Impact of CDK12 mutation on immune response in prostate cancer [Internet]. 2023 ;[citado 2024 maio 23 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-16102023-151223/ -
Vancouver
Dutra WL. Impact of CDK12 mutation on immune response in prostate cancer [Internet]. 2023 ;[citado 2024 maio 23 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-16102023-151223/ - Impact of CDK12 loss on immune response in TCGA prostate tumors
- Differential gene expression related to TMPRSS2-ERG fusion, CDK12, RB1, TP53, AR and ZEB1 based on transcriptomic analysis of the TCGA PRAD cohort
- Trannscriptomics and immune response in human cancer
- Analysis of the impact of ZEB1 expression on pathway enrichment and immune cell abundance in prostate cancer
- TCGA analysis identifies distinct genomic features of oncogenic progression and outcome associated with hemizygous PTEN loss tumors
- Analysis of the relationships between ZEB1, PTEN loss, TMPRSS2-ERG fusion and immune response biomarkers in Prostate Cancer
- The role of somatic mutations on the immune response of the tumor microenvironment in prostate cancer
Informações sobre o DOI: 10.11606/D.17.2023.tde-16102023-151223 (Fonte: oaDOI API)
How to cite
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas