Menu



Exportar registro bibliográfico

Tese

Genome-wide characterization of Salmonella enterica serovars circulating in the Brazilian animal food production chain (2019)

  • Authors:
  • Autor USP: MONTE, DANIEL FARIAS MARINHO DO - FCF
  • Unidade: FCF
  • Sigla do Departamento: FBA
  • Subjects: FILOGENIA; SALMONELLA; ALIMENTOS DE ORIGEM ANIMAL; GENÔMICA
  • Agências de fomento:
  • Language: Inglês
  • Abstract: Salmonella enterica continua sendo um dos mais importantes agentes patogênicos de origem alimentar sendo identificada em alimentos, animais de produção, fontes ambientais e seres humanos. Recentemente, um aumento na S. enterica resistente a antibióticos causou preocupação global, uma vez que as opções de tratamento se tornaram limitadas. Como resultado, a Organização Mundial de Saúde considerou a S. enterica resistente a antibióticos uma bactéria de alta prioridade. Assim, existe a necessidade de monitorar a ascensão e a ocorrência de sorotipos de S. enterica e fortalecer a vigilância de todos os sorotipos que são uma ameaça patogênica e que podem abrigar genes de resistência antimicrobiana e virulência relevantes. Além disso, a alta diversidade do genoma de S. enterica dificulta o desenvolvimento de estratégias de mitigação para auxiliar na redução desse patógeno. Considerando esses aspectos, o objetivo deste estudo de doutorado foi investigar a distribuição de sorovares de S. enterica isolados de diferentes fontes no período de 16 anos. Além disso, examinar o atual resistoma e viruloma dessas linhagens, uma vez que esses aspectos mudam constantemente e se adaptam a novos ambientes. Finalmente, investigar a relação entre essas linhagens através de filogenômica e a implicação de linhagens persistentes e seus impactos em One health. Em Monte I, abordamos os principais insights sobre S. enterica em alimentos destacando os aspectos mais importantes sobre S. enterica resistente a antibióticos em uma revisão. Em Monte II, foram investigados duzentos e sessenta e quatro isolados de S. enterica recuperados em um período de 16 anos das cadeias produtivas de aves e suínos, no Brasil, por sequenciamento do genoma completo. A maioria das linhagens internacionais pertenceram a 29 sorovares, incluindo S. enterica sorovares S. Schwarzengrund ST96, S. Typhimurium ST19, S. Minnesota ST548,S. Infantis ST32, S. Heidelberg ST15, S. Newport ST45, S. Brandenburg ST65 e S. Kentucky ST198 foram multirresistentes de origens genéticas virulentas. A este respeito, a análise do resistoma revelou a presença dos genes qnrE1, qnrB19, qnrS1, ‘bla IND.CTX-M-8’, ‘bla IND.CTX-M-2’ e ‘bla IND.CMY-2’, bem como mutações gyrA; enquanto os plasmídeos ColpVC, IncHI2A, IncHI2, IncFIA, Incl, IncA / C2, IncR, IncX1 e po111 foram detectados. Além disso, a análise filogenética revelou múltiplas linhagens independentes, como sorovares S. Infantis, S. Schwarzengrund, S. Minnesota, S. Kentucky e S. Brandenburg. Em suma, a ocorrência e persistência de linhagens internacionais de sorovares de S. enterica na cadeia produtiva de alimentos é apoiada por genomas conservados com amplo viruloma e resistoma. Em Monte III, subsequentemente fizemos uma importante observação sob o ponto de vista epidemiológico do surgimento precoce do gene qnrE1 em S. Typhimurium. Nós fornecemos neste estudo, novos insights sobre o ambiente genético do qnrE1 e sugerimos que o surgimento desse gene pode ter sido muito mais cedo do que se pensava anteriormente. É provável que, a menos que a vigilância contínua seja estabelecida, continuaremos a subestimar a prevalência desses e de outros genes de resistência na interface ambiental-animal-humano. Em Monte IV, abordamos uma investigação utilizando sequenciamento do genoma completo (WGS) e genotipagem por repetições palindrômicas curtas regularmente intercaladas em cluster (CRISPR) que revelou sorovares raros resistentes a antibióticos isolados da cadeia produtiva. Tecnologicamente, os nossos resultados ilustram como esta abordagem combinada WGS-CRISPR constitui um meio útil para decifrar as relações filogenéticas e fornecer genotipagem de alta resolução de cepas de Salmonella. Esses resultados também confirmam o potencial de 12 abordagensbaseadas em CRISPR para genotipagem de cepas de Salmonella, incluindo sorotipos pouco frequentes. Finalmente, em Monte V, nosso objetivo foi estudar o crescente sorotipo S. Heidelberg, um sorotipo multirresistente emergente na cadeia produtiva de frangos. Um total de 81 (100%) isolados de S. Heidelberg foram feno-genotipicamente resistentes, enquanto 91,3% foram resistentes a múltiplas drogas. Presença de genes de resistência antimicrobiana e plasmídeos demonstraram pouca variação entre as cepas. A ampla distribuição e abundância de S. Heidelberg nas fazendas, frigoríficos, transportes e comércio sugere alta adaptabilidade deste sorovar na cadeia de produção avícola no Brasil. Em resumo, nossos resultados ressaltam o papel potencial de S. Heidelberg como principal patógeno na cadeia de produção avícola brasileira. De maneira geral, nossos resultados demonstraram o surgimento de novos mecanismos de resistência e alta distribuição de sorovares de S. enterica multirresistentes isolados em diferentes anos de diferentes hospedeiros e regiões do Brasil, o que provavelmente contribui para a disseminação de patógenos resistentes de alimentos para o homem na cadeia alimentar. Estes resultados destacam a importância de animais de produção que potencialmente atuam como importantes reservatórios de genes, que conferem resistência aos antibióticos mais importantes para a medicina humana e veterinária. A resistência múltipla e, em particular, a resistência às drogas de última alternativa são motivo de preocupação para a saúde pública. No Brasil, temos relatado uma ampla gama de patógenos de grande importância para o agronegócio brasileiro, em particular, já que o Brasil é o segundo maior produtor mundial de carne de frango e o maior exportador deste produto com alto consumo doméstico. Além disso, esses resultados sugerem a ampla disseminação deisolados/sorovares multirresistentes, mostrando alta identidade genômica regionalmente, o que sugere que a promiscuidade do plasmídeo contribui para a disseminação endêmica. Portanto, a vigilância contínua de S. enterica na cadeia alimentar precisa ser estabelecida como uma prioridade no país, com a caracterização concomitante ao nível do genoma, se o Brasil desejar evitar a disseminação e emergência de novos sorotipos ou atributos de resistência
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 15.08.2019
    • Acesso à fonte
    How to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      MONTE, Daniel Farias Marinho do. Genome-wide characterization of Salmonella enterica serovars circulating in the Brazilian animal food production chain. 2019. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9131/tde-02102019-153247/. Acesso em: 23 maio 2024.

    • APA

      Monte, D. F. M. do. (2019). Genome-wide characterization of Salmonella enterica serovars circulating in the Brazilian animal food production chain (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9131/tde-02102019-153247/

    • NLM

      Monte DFM do. Genome-wide characterization of Salmonella enterica serovars circulating in the Brazilian animal food production chain [Internet]. 2019 ;[citado 2024 maio 23 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9131/tde-02102019-153247/

    • Vancouver

      Monte DFM do. Genome-wide characterization of Salmonella enterica serovars circulating in the Brazilian animal food production chain [Internet]. 2019 ;[citado 2024 maio 23 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9131/tde-02102019-153247/

    Últimas obras dos mesmos autores vinculados com a USP cadastradas na BDPI:

Digital Library of Intellectual Production of Universidade de São Paulo     2012 - 2024