Análise computacional da diversidade viral presente na comunidade microbiana do processo de compostagem do Zoológico de São Paulo (2016)
- Authors:
- Autor USP: AMGARTEN, DEYVID EMANUEL - BIOINFORMÁTICA
- Unidade: BIOINFORMÁTICA
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; ALGORITMOS E ESTRUTURAS DE DADOS
- Keywords: Compostagem; Metagenômica; Vírus ambientais
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: O estudo da diversidade viral em amostras ambientais tem se tornado cada vez mais importante devido a funções-chave desempenhadas por esses organismos. Estudos recentes têm fornecido evidências de que vírus de bactérias (bacteriófagos) podem ser os principais determinantes em ciclos biogeoquímicos de grandes ecossistemas, além de atuarem no fluxo de genes entre comunidades ambientais e na plasticidade funcional das mesmas frente a estresses ambientais. Neste trabalho, propomos a investigação e caracterização da diversidade viral presente em amostras de compostagem através de abordagens não dependentes e dependentes de cultivo. Na primeira abordagem, coletamos amostras seriadas de uma unidade de compostagem do zoológico de São Paulo para realização de sequenciamento metagenômico. O conjunto de sequências gerado foi extensivamente minerado (data-mining) para a produção de resultados de diversidade e abundância de táxons virais ao longo do processo de compostagem. Adicionalmente, procedemos com a montagem e recuperação de sequências virais candidatas a genomas completos e/ou parciais de novos vírus ambientais. Os dois protocolos computacionais utilizados para a mineração de dados encontram-se definidos e automatizados, podendo ser aplicados em quaisquer conjuntos de dados de sequenciamento metagenômico ou metatranscritômico obtidos através da plataforma Illumina. A segunda abordagem correspondeu ao isolamento e caracterização de novos fagos de Pseudomonas obtidos de amostras decompostagem. Três novos fagos foram identificados e tiveram os seus genomas sequenciados. A caracterização genômica desses fagos revelou genomas com alto grau de novidade, insights sobre a evolução de Caudovirales e a presença de genes de tRNA, cuja função pode estar relacionada com um mecanismo dos fagos para contornar o viés traducional apresentado pela bactéria hospedeira. A caracterização experimental dos novos fagos isolados demonstrou grande potencial para lise e dissolução de biofilme da cepa Pseudomonas aeruginosa PA14, conhecida como agente causador de infecções hospitalares em pacientes imunodeprimidos. Em suma, os dados reunidos nesta dissertação caracterizam a diversidade presente no viroma da compostagem e contribuem para o entendimento dos perfis taxonômico, funcional e ecológico do processo
- Imprenta:
- Data da defesa: 18.11.2016
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ABNT
AMGARTEN, Deyvid Emanuel. Análise computacional da diversidade viral presente na comunidade microbiana do processo de compostagem do Zoológico de São Paulo. 2016. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2016. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-14072017-161226/. Acesso em: 04 jun. 2024. -
APA
Amgarten, D. E. (2016). Análise computacional da diversidade viral presente na comunidade microbiana do processo de compostagem do Zoológico de São Paulo (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-14072017-161226/ -
NLM
Amgarten DE. Análise computacional da diversidade viral presente na comunidade microbiana do processo de compostagem do Zoológico de São Paulo [Internet]. 2016 ;[citado 2024 jun. 04 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-14072017-161226/ -
Vancouver
Amgarten DE. Análise computacional da diversidade viral presente na comunidade microbiana do processo de compostagem do Zoológico de São Paulo [Internet]. 2016 ;[citado 2024 jun. 04 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-14072017-161226/ - Machine learning prediction in genomic sequences of prokaryotic viruses from metagenomic datasets
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